La biodiversidad es la base de un ecosistema saludable y capaz de funcionar. Un ecosistema intacto presta un gran número de servicios ambientales valiosos, como por ejemplo la regulación del equilibrio hídrico, la protección contra la erosión o el suministro de productos madereros y alimenticios. Además, es más resistente frente a factores externos, como las tormentas o el cambio climático. Conservar la biodiversidad es de gran utilidad para el ecosistema, contribuye a asegurar los medios de vida de la población local y garantiza el éxito a largo plazo del proyecto. Desde el punto de vista de la protección climática, la biodiversidad supone una garantía de que el CO₂ captado permanezca almacenado y a largo plazo se pueda extraer de la atmósfera. 

La zona del proyecto "Lacandón - Bosques para la Vida" es una de las de mayor diversidad de especies del mundo y en ella viven muchas especies protegidas de plantas y animales como la guacamaya roja y el jaguar. Al proteger extensiones de bosque intacto se puede conservar el hábitat de muchas especies. Además, las zonas previamente taladas se reforestan o recuperan con especies autóctonas, de manera que se puedan desarrollar bosques cuasi-naturales. (Véase Conservación de Bosques y Reforestación así como Control en el Parque Nacional) 

Para poder identificar los efectos positivos de estas medidas sobre la conservación de la biodiversidad de especies, se obtendrán datos sobre especies bandera o indicadores de calidad de hábitat que servirán para llevar a cabo un Monitoreo de la biodiversidad del PNSL.